Dieses TP wird ein umfassendes Verständnis der Genome, Transkriptome und Epigenome fusionsgetriebener Sarkome in zeitlicher und räumlicher Auflösung – inklusive der Einzelzellebene – ermöglichen. Zu diesem Zweck werden wir die etablierten Arbeitsabläufe der Präzisionsonkologie-Programme INFORM und NCT/DKFZ/DKTK MASTER über den derzeitigen Standard hinaus erweitern und Patient:innen in diesen Prozess einbeziehen. Die molekulare Charakterisierung wird die Ganzgenom- und RNA-Sequenzierung ganzer Sarkomzell-Populationen sowie DNA- und kombinierte RNA/ATAC-Sequenzierungen auf Einzelzellebene umfassen.

Hauptziele:

1. Erweiterung der bewährten klinischen Workflows der Präzisionsonkologie-Programme INFORM und NCT/DKFZ/DKTK MASTER über den aktuellen Versorgungsstandard hinaus unter Einbeziehung von Sarkompatient:innen und deren Organisationen

2. Generierung eines umfassenden Verständnisses der Genome, Transkriptome und Epigenome fusionsgetriebener Sarkome zu verschiedenen Zeitpunkten des Krankheitsverlaufs durch systematische Kartierung in Einzelzell- und räumlicher Auflösung

3. Bioinformatische Ableitung der phylogenetischen Beziehungen zwischen einzelnen Sarkomzellen, um intratumorale Heterogenität, selektive klonale „sweeps“ und molekulare Treiber von klonaler Evolution und Therapieresistenz zu identifizieren und durch die Integration mit in TP 2 und 4 generierten transkriptomischen und proteomischen Daten und in TP 6 erhobenen klinischen Informationen mögliche Biomarker zu nominieren.

PI: Stefan Fröhling, DKFZ and NCT Heidelberg, Im Neuenheimer Feld 280, Heidelberg
Co-PI: Supat Thongjuea, DKFZ and KiTZ, Im Neuenheimer Feld 280, Heidelberg